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Über die Entstehung des Ninjutsu gibt es viele verschiedene Theorien. Man geht davon aus das die Kampfkunst etwa 800 Jahre alt ist. Vielfach gehen Zeitangaben noch weiter zurück, doch dafür fand man keine eindeutigen Belege.
Ninjutsu bedeutet wörtlich übersetzt "die Kunst des Erduldens". Geduld, Ausdauer und Selbstdisziplin gehörten zu den wichtigsten Eingenschaften der Ninja.
Besonders zu erwähnen ist die kontinuierliche Übernahme und Anwendung von neu erworbenen Wissen in das System.
Wahrscheinlich entstand Ninjutsu ursprünglich zum Erkunden. Später entwickelte sich dann, auch zum Selbstschutz, daraus die tödliche Kampfkunst.
Im Mittelalter entwickelte sich das Ninjutsu weiter. Die Kampftechniken wurden von Methoden der psychologischen Kriegsführung ergänzt.
Durch die Anwendung dieser wurde der Ninja mystifiziert. So wurde ihnen häufig nachgesagt, sie seien unsterbliche Dämonen.